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lamindb

数据与分析

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更新于 10-15 21:39

技能介绍

用途:LaminDB 是面向生物学的开源、以血缘关系为核心的数据湖仓,用于管理生物数据集与模型,使其可查询、可追溯、可验证、可复现并符合 FAIR 原则。

主要能力:支持 artifact(版本化数据集)、records/ulabels、collections、runs/transforms(计算血缘)、features、projects/branches/spaces 等核心实体;提供注册表查询、过滤、全文搜索、ln.Q 逻辑查询与大数据流式读取;支持 DataFrame、AnnData、MuData、SpatialData、TileDB-SOMA、Parquet、Zarr 等格式的 schema 校验与标准化;通过 Bionty 接入基因、蛋白、细胞类型、组织、疾病、表型、通路等生物本体;可与 Nextflow、Snakemake、Redun、Lightning、Weights & Biases、MLflow、Hugging Face、scVI-tools 等集成,并支持本地文件系统、S3、GCS、S3 兼容端点、HuggingFace 数据集等存储。

使用方式:安装当前稳定基线 lamindb==2.5.1(Python >=3.10, <=3.14),基础命令为 uv pip install 'lamindb==2.5.1',带扩展为 uv pip install 'lamindb[gcp,zarr-v2,fcs]==2.5.1',仅命名空间为 uv pip install 'lamindb-core==2.5.1',Bionty 为 uv pip install 'bionty==2.4.0'。使用 lamin login 认证,lamin init --storage ... 初始化实例;在分析中用 ln.track()/ln.finish() 或 @ln.flow()/@ln.step() 追踪运行,用 curator 校验并保存 artifact,用 artifact.features.set_values() 写入可查询元数据。

适用场景:单细胞与 bulk RNA-seq、空间转录组、流式细胞术、多模态数据、EHR 数据管理;计算工作流追踪;数据校验与本体注释;构建可查询数据湖仓;ML 流水线集成;本地或云端数据基础设施部署与协作。

限制:资料未提供具体收费、价格与效果数据;安装需固定版本以保证可复现,浮动安装仅在明确需要最新上游版本时使用;凭据应使用 IAM 角色、工作负载身份、密钥管理器或命名环境变量,不应显示、记录或传输真实密钥与完整连接串;从 REST API、外部数据库或用户文件保存内容前应使用显式 schema 或 curator 校验与清洗。