用途：gget 是命令行生物信息学工具兼 Python 包，统一访问 20 多个基因组数据库与分析方法，覆盖基因信息、序列分析、蛋白结构、病毒序列、表达数据、疾病关联及小鼠组织/细胞特异性指标。多数模块同时提供 CLI 与 Python 函数两种用法。
主要能力：参考与基因信息（ref 下载 Ensembl 参考基因组，search 按名称/描述检索基因，info 获取基因/转录本元数据，seq 获取核苷酸或氨基酸序列）；序列分析与比对（blast、blat、muscle 多序列比对、diamond 局部比对）；结构与蛋白分析（pdb 查询 RCSB PDB，alphafold 预测三维结构，elm 预测真核线性基序）；表达与疾病数据（archs4 基因相关性与组织表达，cellxgene 单细胞数据，enrichr 富集分析，bgee 同源与表达，opentargets 疾病/药物关联，cbio 癌症基因组热图，cosmic 等）。
使用方式：CLI 为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。常用标志：-o/--out 保存结果，-q/--quiet 静默，-csv 返回 CSV（仅 CLI）。Python 参数名一般对应长选项去掉前导横线，如 --census_version 对应 census_version=...。安装建议在干净虚拟环境中进行：uv venv .venv；source .venv/bin/activate；uv pip install "gget==0.30.5"。部分模块需先运行 gget setup alphafold、gget setup elm、gget setup cellxgene 等完成依赖与模型参数准备。
适用场景：需要快速查询基因/转录本信息、批量序列检索与比对、蛋白结构获取或预测、单细胞与组织表达数据获取、富集分析及疾病/药物关联检索的研究与开发工作。
限制：所查询数据库持续更新，结构可能变化，资料针对 gget 0.30.5（PyPI 截至 2026-06-07）；可复现工作建议固定版本，上游适配器失效时查看发布说明后升级。info 模块 ID 数量上限约 1000。alphafold、elm、cellxgene 等需额外 setup。opentargets 在 0.30.5 重写，部分输出列名与旧版不同，旧 --filter_mode 参数已移除。其余功能、收费与平台信息暂未提供。