用途：ETE 用于系统发育树和层次树的构建、操作、分析与可视化，面向系统发育基因组学和聚类研究。
主要能力：支持 Newick、NHX、PhyloXML、NeXML 读写；提供前序、后序、层序遍历；可剪枝、重定根、折叠节点、解析多分支；计算分支长度与拓扑距离；用 Robinson-Foulds 距离比较树。PhyloTree 可结合 FASTA/Phylip 比对，检测复制与物种形成事件，识别直系同源和旁系同源，并按复制拆分基因家族。NCBITaxa 可自动下载并缓存 NCBI 分类数据库（约 300MB），实现 taxid 与学名互转、获取谱系、构建分类树和注释。可视化支持 PNG、PDF、SVG，矩形与环形布局，NodeStyle、Faces 和布局函数定制，并可交互式 GUI 浏览。ClusterTree 支持聚类树与数据矩阵关联，计算轮廓系数、Dunn 指数并绘制热图。
使用方式：安装用 uv pip install ete3，GUI 用 uv pip install ete3[gui]；渲染依赖在 macOS 用 brew install qt@5，Ubuntu/Debian 用 sudo apt-get install python3-pyqt5 python3-pyqt5.qtsvg。首次实例化 NCBITaxa 会自动下载数据库，可用 ncbi.update_taxonomy_database() 更新。脚本 scripts/tree_operations.py 和 scripts/quick_visualize.py 提供命令行操作与快速可视化。
适用场景：系统发育流程、树预处理与格式转换、出版级图件、批量树分析。
限制：首次 NCBI 数据库下载约 300MB；超大树上万叶建议用迭代器；渲染需 Qt 系统依赖；具体收费与平台支持资料暂未提供。