SuperAPI AI 工具集

depmap

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 21:39

技能介绍

用途:该技能面向癌症依赖图谱(DepMap)数据查询与分析,用于判断某基因在特定癌症细胞系中是否必需、寻找癌症选择性依赖(治疗靶点)、验证肿瘤药物靶点、发现合成致死相互作用,以及分析化合物敏感性的预测标志物。

主要能力:可获取CRISPR Chronos基因依赖评分、RNAi DEMETER2评分、基因效应(归一化Chronos)、细胞系注释(DepMap_ID、cell_line_name、primary_disease、lineage等),并支持选择性依赖识别、基因效应与突变关联的生物标志物分析、共依赖性(co-essentiality)分析及PRISM化合物敏感性分析。

使用方式:可通过DepMap API(BASE_URL = "https://depmap.org/portal/api")查询,或从 https://depmap.org/portal/download/all/ 下载数据文件本地分析。常用文件包括CRISPRGeneEffect.csv、sample_info.csv、OmicsExpressionProteinCodingGenesTPMLogp1.csv、OmicsSomaticMutationsMatrixDamaging.csv、OmicsCNGene.csv、PRISM_Repurposing_Primary_Screens_Data.csv。大规模查询建议下载后本地处理。

关键阈值:Chronos ≤ −0.5 视为可能依赖,≤ −1 为强依赖(常见必需基因范围)。

适用场景:靶点验证、生物标志物发现、合成致死筛选、泛癌必需性判断、共依赖性分析、化合物敏感性分析。

限制与注意:应使用Chronos而非DEMETER2进行当前CRISPR分析;需区分泛必需与癌症选择性依赖;未表达的基因会被评为非必需;应使用DepMap_ID标识细胞系;扩增基因可能因拷贝数效应显得必需;全基因组关联需做FDR校正。具体数据版本、API端点行为及下载链接以官方资料为准,部分细节暂未提供。