用途：COBRApy 用于基于约束的代谢网络重构与分析，适用于基因组尺度代谢模型的加载、构建与导出，以及细胞代谢的计算模拟、代谢工程分析和表型预测。资料中示例针对 PyPI 上的 cobra 0.31.1，导入方式为 import cobra。
主要能力：模型管理方面，可通过 cobra.io 加载或保存 SBML、JSON、YAML 模型，load_model 支持 textbook、e_coli_core、iJO1366、salmonella 等内置模型，也可从 BiGG/BioModels 远程获取（需联网，首次后缓存）。分析功能包括标准 FBA、pFBA、geometric FBA、FVA（可选 loopless 与 fraction_of_optimum）、单/双基因与反应敲除、最小培养基计算、通量采样（optgp/achr）、生产包络（表型相平面）以及 gapfill 补缺。模型构建可用 Model、Reaction、Metabolite 组装，并设置边界反应与目标。
使用方式：安装命令为 uv pip install "cobra==0.31.1"；MATLAB 模型 I/O 可选 uv pip install "cobra[array]==0.31.1"。求解器通过 optlang，GLPK 随 swiglpk 自动安装；cobra 0.29+ 提供混合求解器，资料建议在可用时优先 model.solver = "hybrid"。可用 with model: 上下文管理器临时修改目标、边界或敲除基因，退出后自动还原；medium 需整体重新赋值。
适用场景：系统生物学研究、代谢工程与生长表型预测、必需基因筛选、培养基优化与通量不确定性分析。
限制：gapfill 需要自备通用反应数据库，cobra 0.31+ 不再内置；大规模 MILP/QP、双敲除与采样可能耗时，资料建议并行时先设小 n 与 processes=1；osqp 求解器路由到混合求解器，未来版本对普通 LP 可能报错。详细工作流见 references/workflows.md 与 references/api_quick_reference.md，官方文档为 cobrapy.readthedocs.io。