用途：Biopython 是免费开源的 Python 生物计算工具集，用于序列操作、生物文件读写与格式转换、NCBI 数据库访问、BLAST、比对、蛋白结构分析、系统发育树等分子生物学计算任务。
主要能力：按子包组织，包括 Bio.Seq/Bio.SeqIO（序列与文件 I/O）、Bio.Align/Bio.AlignIO（成对与多序列比对）、Bio.Entrez（访问 NCBI 数据库）、Bio.Blast（运行与解析 BLAST）、Bio.PDB（三维结构）、Bio.Phylo（系统发育树），以及 motifs、PopGen、SeqUtils、Restriction、Cluster、GenomeDiagram 等高级功能。
安装与用法：使用 uv pip install "biopython==1.87" 安装。访问 NCBI 时须设置 Entrez.email，可设置 Entrez.tool；如需更高频率限制，仅从环境变量读取 NCBI_API_KEY，不要硬编码密钥。常用模式包括用 SeqIO.parse 读取 FASTA、SeqIO.convert 转换格式、Entrez.esearch/efetch 检索下载、NCBIWWW.qblast 运行 BLAST、PDBParser 解析结构、Phylo.read 读取树。
适用场景：序列统计（GC 含量、分子量、熔解温度）、翻译与反向互补、格式转换、PubMed 检索、BLAST 结果过滤、结构距离与 RMSD 计算、构建与可视化系统发育树等。
限制与注意：当前版本 1.87（2026 年 3 月 30 日发布），支持 Python 3.10-3.14 与 PyPy3.10，需 NumPy；1.87 修复了 Bio.Entrez.Parser 解析不可信文件时的 CVE-2025-68463，处理外部 Entrez XML 建议使用 1.87+。Bio.HMM、Bio.MarkovModel、Bio.Application 已在 1.86 移除。1.86 起 PairwiseAligner 默认 gap score 由 0 改为 -1。使用 NCBI 需遵守频率限制，大文件建议用迭代器，网络与解析操作需处理异常。官方文档见 https://biopython.org/docs/latest/。