用途:该技能面向脑影像数据结构(BIDS)数据集的处理,用于将神经科学与生物医学原始数据(影像、电生理、行为)整理为符合 BIDS 规范的目录结构,查询已有数据集,校验合规性,以及将 DICOM 转换为 BIDS 格式。BIDS 是社区标准,定义统一的文件命名、目录层级与元数据模式,现覆盖 11 种模态,包括 MRI、PET、显微镜、EEG、MEG、iEEG、EMG、NIRS、动作捕捉、行为数据与 MR 波谱。
主要能力:按受试者、会话、任务、run 或模态查询文件;校验数据集是否符合规范;编写或编辑 JSON sidecar 元数据;创建符合 BIDS 的衍生数据;生成 dataset_description.json;处理 BIDS 实体;配置 .bidsignore;为上传 OpenNeuro、DANDI 等仓库做准备。
使用方式:核心查询库为 PyBIDS,安装命令 uv pip install pybids;校验器为基于 Deno 的 bids-validator,可 uv pip install bids-validator-deno,或 deno install -g -A npm:bids-validator。DICOM 转换常用 HeuDiConv(uv pip install heudiconv)、dcm2bids(uv pip install dcm2bids)或 BIDScoin。辅助库包括 nibabel、pydicom。典型流程:用 BIDSLayout 索引数据集并查询;用 bids-validator 校验;用 HeuDiConv 的 ReproIn 模式或自定义启发式文件转换 DICOM。
适用场景:整理原始神经科学数据、查询 BIDS 数据集、共享或投稿前校验、DICOM 转 BIDS、编写 sidecar 元数据、创建衍生数据、准备上传至 BIDS 兼容仓库。
限制:资料未提供具体收费、价格与效果信息;BIDS 规范版本、实体顺序与后缀以 BIDS Schema 为准,资料建议存疑时查阅 schema;旧版 Node.js 校验器已弃用,Deno 版为 v1.9+ 参考实现;HeuDiConv 转换时建议使用 --minmeta 防止元数据溢出,重复采集需用 {item:03d} 自动编号。