用途:RDKit 是化学信息学工具包,提供 Python API 进行分子分析与操作,面向药物发现、计算化学和化学信息学研究。
主要能力:支持从 SMILES、MOL 文件、MOL 块、InChI 读取分子,并输出规范 SMILES、MOL 块、InChI;通过 SDMolSupplier、SmilesMolSupplier、ForwardSDMolSupplier、MultithreadedSDMolSupplier 批量读取,SDWriter 写出。解析时自动执行价键检查、芳香性感知、手性赋值等 sanitization,可用 sanitize=False 关闭或 SanitizeMol 手动执行,DetectChemistryProblems 检测问题。可遍历原子与键、获取环信息与 SSSR、查找手性中心、拆分片段、提取 Murcko 骨架。Descriptors 提供分子量、ExactMolWt、LogP、TPSA、氢键供受体数、可旋转键数、芳香环数等,CalcMolDescriptors 一次计算全部。指纹包括 RDKFingerprint、Morgan(类 ECFP)、MACCS、原子对、拓扑扭转、Avalon,配合 DataStructs 计算 Tanimoto、Dice、Cosine 相似度,Butina 聚类。SMARTS 支持子结构匹配与常见模式。AllChem 支持反应 SMARTS、2D 坐标、ETKDG 3D 构象生成、UFF/MMFF 优化、RMSD 与对齐。Draw 与 rdMolDraw2D 支持单分子、网格、子结构高亮、指纹位可视化及 Jupyter 内联显示。还支持加/删氢、Kekulize、子结构替换、Uncharger 中和电荷、rdMolHash 哈希、随机 SMILES、药效团特征。
使用方式:安装与依赖信息暂未提供;示例均以 from rdkit import Chem 等导入方式调用。
适用场景:药物相似性分析、相似性筛选、子结构过滤等。
限制:MolFrom* 失败返回 None,需先判空;价键超限、芳香环非法等会引发异常;收费、价格、平台与效果信息暂未提供。