用途：pysam 是面向 NGS 数据处理的 Python 基因组文件工具箱，用于读取、操作和写入测序比对、变异与序列文件，并可通过 Python 调用 samtools/bcftools 命令。
主要能力：
- 比对文件（SAM/BAM/CRAM）：用 AlignmentFile 打开读取，按区域 fetch 读段，按质量或 flag 过滤，写入比对结果，统计覆盖度，做 pileup 分析，访问序列、质量值与比对信息。
- 变异文件（VCF/BCF）：用 VariantFile 读写，按区域查询变异，访问位置、等位基因、质量，提取样本基因型，按条件过滤、注释与子集化。
- 序列文件（FASTA/FASTQ）：FastaFile 按坐标随机访问参考序列，FastxFile 读取带质量值的原始测序数据，校验变异参考等位基因，转换 FASTA/FASTQ，访问 tabix 索引的 BED/GTF/GFF 文件。
- 整合工作流：结合比对、变异与参考序列，做覆盖度统计、变异校验与注释、变异位点周边序列提取、多数据类型质控与覆盖度轨迹生成。
必要用法：安装命令为 uv pip install pysam。打开文件需指定模式，如 "rb" 读 BAM、"r" 读 SAM、"rc" 读 CRAM、"wb" 写 BAM、"w" 写 SAM、"wc" 写 CRAM。区域随机访问需预先建索引：BAM 用 .bai（pysam.index()），CRAM 用 .crai，FASTA 用 .fai（pysam.faidx()），VCF.gz 用 .tbi（pysam.tabix_index()），BCF 用 .csi。无索引时可用 fetch(until_eof=True) 顺序读取。
限制与注意：坐标系统混用，Python 接口为 0 基半开区间，fetch() 的区域字符串遵循 samtools 的 1 基约定，VCF 文件格式为 1 基而 VariantRecord.start 为 0 基。fetch() 返回与区域边界部分重叠的读段，不只完全包含的读段。修改 query_sequence 后不能就地改 query_qualities，需先复制。迭代器需保持存活，否则会出现 PileupProxy accessed after iterator finished。流式仅支持 stdin/stdout，不支持任意 Python 文件对象。线程安全尚未完全验证。官方文档：https://pysam.readthedocs.io/