pubmed-database

用途

PubMed 是美国国家医学图书馆（NLM）的综合数据库，免费提供 MEDLINE 与生命科学文献的访问。本技能用于在生物医学与生命科学领域检索研究文章、构建复杂检索式、开展系统综述或荟萃分析、通过 E-utilities API 程序化访问数据，以及按作者、期刊、发表日期、文章类型等条件查找文献。

主要能力

高级检索式构建

支持布尔运算符（AND、OR、NOT）、字段标签、双引号精确短语、通配符和邻近检索。示例：

diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]

MeSH 主题词与受控词表

使用 [mh] 标签检索 MeSH 主题词并自动包含下位词，[majr] 限定主题为主要焦点，可结合副主题词（如 /diagnosis、/drug therapy、/epidemiology、/etiology、/prevention & control、/therapy）。

文章类型与发表过滤

按发表类型（临床试验、荟萃分析、随机对照试验、综述、系统综述、病例报告、指南）、日期（单年、范围、具体日期）、文本可用性（免费全文、含摘要）过滤。

通过 E-utilities API 程序化访问

核心端点包括 ESearch（检索并返回 PMID）、EFetch（下载完整记录）、ESummary（获取摘要）、EPost（上传 UID 用于批处理）、ELink（查找相关文章）。速率限制：无 API key 为 3 请求/秒，有 API key 为 10 请求/秒。

引用匹配与文章检索

支持按 PMID、DOI、PMC ID 检索，也可通过 ECitMatch API 用期刊名、年份、卷、页码、作者匹配 PMID。

系统文献综述

提供 PICO 框架（人群、干预、对照、结局）构建检索策略，支持综合检索策略与检索优化。

检索历史与保存检索

检索历史最多保留 100 条，8 小时无活动后过期，可用 # 引用组合先前检索。My NCBI 支持永久保存检索、设置邮件提醒、创建文献集合与 RSS 订阅。

导出与引用管理

支持 .nbib（Zotero、Mendeley、EndNote）、AMA/MLA/APA/NLM 引用格式、CSV、XML 导出。剪贴板临时存储最多 500 条（8 小时过期），Collections 通过 My NCBI 永久存储。

使用方式

本技能包含三个参考文件：references/api_reference.md（E-utilities API 完整文档）、references/search_syntax.md（检索语法详解）、references/common_queries.md（各类研究场景示例检索式）。简单查询可直接使用 SKILL.md 信息，复杂操作按需加载相应参考文件。

常见工作流包括：基础文献检索、系统综述检索、程序化数据提取、引用发现、持续文献监测。

适用场景

检索生物医学或生命科学研究文章
构建含布尔运算符、字段标签或 MeSH 词的复杂检索式
开展系统文献综述或荟萃分析
通过 E-utilities API 程序化访问 PubMed 数据
按特定条件查找文章
检索引用信息、摘要或全文
处理 PMID 或 DOI
创建文献监测或数据提取的自动化工作流

限制

数据库主要覆盖生物医学与生命科学文献；1975 年前文章常缺摘要；2002 年起才有完整作者名
显示结果最多 10,000 条；检索历史 8 小时无活动过期；剪贴板最多 500 条且 8 小时过期
自动词映射可能产生意外结果
API 有速率限制，大查询可能超时（需用 history server），详细数据提取需解析 XML
PubMed 提供引用与摘要，不总是提供全文；全文访问取决于出版商、机构订阅或开放获取状态
部分内容需要订阅或付费

技能介绍

用途