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opentargets-database

数据与分析

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更新于 10-15 21:34

技能介绍

用途:面向药物靶点发现与评估,查询 Open Targets Platform 整合的人类遗传、组学、文献与化学数据,构建并评分靶点-疾病关联。

主要能力:搜索靶点/疾病/药物标识符;获取靶点注释(可成药性、安全性、表达、遗传约束);查询疾病关联靶点与药物;检索靶点-疾病证据(遗传关联、体细胞突变、已知药物、通路、RNA 表达、动物模型、文献);发现疾病已知药物及其机制、临床试验阶段与不良反应;按评分筛选靶点关联;直接执行自定义 GraphQL 查询。

使用方式:通过 scripts/query_opentargets.py 的辅助函数,如 search_entities、get_target_info、get_disease_info、get_target_disease_evidence、get_known_drugs_for_disease、get_drug_info、get_target_associations、execute_query。标识符:靶点为 Ensembl 基因 ID,疾病为 EFO ID,药物为 ChEMBL ID。GraphQL 端点:https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql,无需认证,支持分页。

适用场景:靶点发现、靶点验证、药物重定位、竞争情报、生物标志物发现、安全性评估。

限制:API 适合探索性查询,系统性分析应使用数据下载或 BigQuery;关联评分是相对排名指标,非置信度或临床成功预测;研究较少的疾病评分偏低;证据质量不一,需生物学解读与人工文献核查;数据每季度更新,使用需引用指定文献。