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esm

设计与创作

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更新于 10-15 21:34

技能介绍

ESM(Evolutionary Scale Modeling)提供蛋白质语言模型,用于理解、生成和设计蛋白质,覆盖ESM3与ESM C两个模型族。

用途:ESM3为多模态生成模型,可设计具有特定功能的蛋白质、补全部分序列、生成现有蛋白质变体、按目标结构特征生成蛋白质;其结构轨道支持从序列预测结构及逆折叠(由结构设计序列);功能轨道支持按功能注释生成或预测功能。ESM C用于生成高质量嵌入,适合功能预测、分类、相似性分析与迁移学习等下游任务。

使用方式:安装使用 uv pip install esm;如需更快的推理可再执行 uv pip install flash-attn --no-build-isolation。本地使用示例包括 ESM3.from_pretrained("esm3-sm-open-v1").to("cuda"),通过 ESMProtein 构造提示序列(下划线代表掩码位),再用 model.generate(protein, GenerationConfig(track="sequence", num_steps=8)) 生成。ESM C 使用 ESMC.from_pretrained("esmc-300m").to("cuda"),经 model.encode 与 model.forward 获取嵌入。云端可经 Forge:ESM3ForgeInferenceClient(model="esm3-medium-2024-08", url="https://forge.evolutionaryscale.ai", token="<token>"),并支持异步批量生成。

模型选择:ESM3 提供 esm3-sm-open-v1(1.4B,开放权重、可本地)、esm3-medium-2024-08(7B,仅Forge)、esm3-large-2024-03(98B,仅Forge);ESM C 提供 esmc-300m、esmc-600m、esmc-6b。ESM3 还支持链式思考迭代精修与多步优化,Forge 支持批量执行,另可考虑 AWS SageMaker 部署。

限制与注意:不同模型的可获取途径(本地/仅Forge)不同;生成结果建议用结构预测或湿实验验证;应遵循负责任生物设计框架并考虑生物安全与伦理;Forge 需申请 token。价格、速率限制等具体数值暂未提供。