用途:该技能用于在 DNAnexus 云平台上进行生物医学数据分析与基因组学流程开发,涵盖构建部署 app/applet、管理数据对象、运行分析与工作流,以及使用 dxpy Python SDK 编写自动化脚本。
主要能力分五部分:一是应用开发,用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python 或 Bash 应用,处理输入输出数据对象,用 dx build 或 dx build --app 部署并测试;二是数据操作,用 dxpy.upload_local_file() 上传、dxpy.download_dxfile() 下载,创建和管理带元数据的 record,按名称、属性或类型搜索,跨项目克隆及管理文件夹与权限;三是作业执行,用 applet.run() 或 app.run() 启动作业,监控状态与日志,创建子作业并行处理,构建多步骤工作流并用输出引用串联作业;四是 Python SDK,使用 DXFile、DXRecord、DXApplet 等对象处理器及高级函数和直接 API 调用;五是配置与依赖,编写 dxapp.json 定义输入输出和运行规格,通过 execDepends 安装系统包,使用 asset 管理共享依赖并集成 Docker 容器、配置实例类型与超时。
使用方式:安装 dxpy 使用 uv pip install dxpy,登录使用 dx login,可用 dx --version 与 dx whoami 验证。常见模式包括批量处理多个文件、串联多步骤流水线,以及用项目文件夹和属性元数据组织结果。官方文档见 https://documentation.dnanexus.com/。
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