用途：deepTools 是面向高通量测序（NGS）数据的 Python 命令行工具套件，用于处理、质控、比较和可视化 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq、MNase-seq 等实验数据。
主要能力：将 BAM 比对转换为标准化覆盖度轨道（bigWig/bedGraph）；质量控制（指纹、相关性、覆盖度）；样本比较与相关性分析；在基因组特征附近生成热图和轮廓图；富集分析与峰区域可视化。
使用方式：安装命令为 uv pip install deeptools。建议先用 python scripts/validate_files.py --bam sample1.bam sample2.bam --bed regions.bed 校验输入文件，再用 python scripts/workflow_generator.py --list 查看可用工作流，例如生成 ChIP-seq QC 模板：python scripts/workflow_generator.py chipseq_qc -o qc_workflow.sh --input-bam Input.bam --chip-bams "ChIP1.bam ChIP2.bam" --genome-size 2913022398。常见操作包括 bamCoverage 生成标准化轨道、bamCompare 计算 log2 比值、multiBamSummary 与 plotCorrelation 做样本相关性、computeMatrix 配合 plotHeatmap/plotProfile 出图。
适用场景：ChIP-seq 质控与完整分析、RNA-seq 覆盖度（链特异性需用 --filterRNAstrand，且不可用 --extendReads）、ATAC-seq（需用 alignmentSieve --ATACshift 做 Tn5 校正）、多样本比较和峰区域分析。
限制与注意：RPGC 标准化需提供有效的基因组大小；RNA-seq 禁止 --extendReads；GC 校正后不可再用 --ignoreDuplicates；缺失 BAM 索引需先 samtools index；内存不足可按染色体处理。官方文档中未提供的收费、平台等信息暂未提供。