用途：COBRApy 是用于代谢网络约束重建与分析（COBRA）的 Python 库，处理基因组尺度代谢模型，进行细胞代谢计算模拟、代谢工程分析与表型预测，适用于系统生物学研究。
主要能力：模型管理支持从文件加载、保存 SBML/JSON/YAML 模型，并内置大肠杆菌核心模型、完整大肠杆菌模型和沙门氏菌测试模型；可访问反应、代谢物、基因等模型组件。分析功能包括通量平衡分析（FBA）、简约 FBA、几何 FBA、通量变异分析（FVA，可设 fraction_of_optimum 与 loopless）、单/双基因及反应敲除研究、生长培养基与最小培养基计算、通量采样（optgp、achr 方法）、生产包络（表型相平面）以及 gapfilling。还可用 Model、Reaction、Metabolite 从零构建模型，设置化学计量、边界、基因-反应规则（GPR）与目标函数。
使用方式：通过 pip 安装后导入 cobra 包，用 cobra.io 读写模型、model.optimize() 求最优解、cobra.flux_analysis 调用各类分析，cobra.medium 处理培养基，cobra.sampling 采样。临时改动建议使用 with model 上下文管理器，退出后自动还原。
限制：求解依赖外部求解器（如 GLPK、CPLEX、Gurobi），不同求解器速度与可用性不同；双基因敲除与采样等计算量较大，需注意并行与耗时；模型可行性需先验证，不可行解需检查培养基、边界与模型一致性。官方文档见 https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/。