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brenda-database

数据与分析

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更新于 10-16 03:38

技能介绍

用途:该技能用于访问 BRENDA(BRaunschweig ENzyme DAtabase)酶信息系统的官方 SOAP API,检索酶动力学参数、反应方程、底物特异性、生物体信息及最适条件,面向生化研究、代谢工程与酶发现等场景。据资料称其覆盖 45,000 多种酶与数百万动力学数据点。

主要能力:按 EC 号获取 Km、kcat、Vmax,可按生物体或底物过滤;获取反应方程与化学计量并按生物体或反应筛选;按底物或产物检索酶、按反应模式搜索;比较多个生物体间的酶性质;查询最适 pH、温度、稳定性与辅因子需求;分析底物特异性与 kcat/Km;查询抑制剂(Ki、IC50)与激活剂;查找嗜热同源物与 pH 稳定变体;导出动力学建模参数并绘制米氏曲线。配套脚本包括 brenda_queries.py、brenda_visualization.py 与 enzyme_pathway_builder.py,用于分析、可视化与通路/逆合成路线构建。

使用方式:需安装依赖 uv pip install zeep requests pandas matplotlib seaborn;通过 .env 或环境变量配置 BRENDA_EMAIL 与 BRENDA_PASSWORD(资料提示另有 BRENDA_EMIAL 用于旧版兼容),并在 https://www.brenda-enzymes.org/ 注册获取凭据。调用示例:from brenda_client import get_km_values、get_reactions;分析函数从 scripts.brenda_queries 导入。

限制:API 有中等速率限制,建议每秒 1 次请求、10 秒内不超过 5 次,应缓存、批量查询并处理缺失数据;并非所有酶数据完整;需校验 EC 号格式;需处理认证与网络异常。资料未提供价格信息。