用途：Biopython 提供免费的 Python 生物计算工具，覆盖序列操作、文件读写、数据库访问、结构生物信息学、系统发育等任务。适用场景包括处理 DNA/RNA/蛋白质序列，读写转换 FASTA、GenBank、FASTQ、PDB、mmCIF 等格式，通过 Entrez 访问 NCBI 数据库（GenBank、PubMed、Protein、Gene 等），运行或解析 BLAST 结果，进行两两或多序列比对，分析 PDB 蛋白结构，创建和可视化系统发育树，查找序列基序，计算 GC 含量、分子量、解链温度等统计量，以及群体遗传学数据处理。
主要能力按模块划分：Bio.Seq 与 Bio.SeqIO 负责序列操作与文件 I/O；Bio.Align 与 Bio.AlignIO 负责比对；Bio.Entrez 访问 NCBI 数据库；Bio.Blast 运行并解析 BLAST；Bio.PDB 处理三维蛋白结构；Bio.Phylo 操作和可视化系统发育树；Bio.motifs、Bio.PopGen、Bio.SeqUtils、Bio.Restriction、Bio.Cluster、GenomeDiagram 覆盖基序、群体遗传、序列工具、限制酶分析、聚类和基因组图谱等。
安装：uv pip install biopython。使用 NCBI 数据库前必须设置 Entrez.email，可选用 api_key 将速率限制从 3 次/秒提升至 10 次/秒。常见用法包括用 SeqIO.parse 逐条读取大文件、用 SeqIO.convert 转换格式、用 Entrez.esearch 检索 PubMed、用 NCBIWWW.qblast 运行 BLAST 并用 NCBIXML.read 解析、用 PDBParser 解析结构后用 SMCRA 层级遍历、用 DistanceCalculator 与 DistanceTreeConstructor 从比对构建树。
限制与注意事项：需 Python 3 和 NumPy；访问 NCBI 须提供邮箱并遵守速率限制；大文件应使用迭代器避免一次性载入；解析前需确认文件格式字符串匹配；比对输入需等长；大规模 BLAST 建议使用本地版本或缓存结果；PDB 解析警告可用 PDBParser(QUIET=True) 抑制。其余具体功能与定价信息资料未提供。