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pdb-database

数据与分析

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更新于 10-15 21:12

技能介绍

用途:访问 RCSB PDB 全球生物大分子 3D 结构数据库,检索、下载和分析实验测定结构及计算模型(20 万+条目)。适用于结构生物学、药物发现、蛋白质工程、教学可视化等场景。

主要能力:文本检索(蛋白名、关键词);属性检索(物种、分辨率、实验方法等);序列相似性检索(evalue_cutoff、identity_cutoff);结构相似性检索(如 entry_id="4HHB");逻辑组合查询;通过 Data API 或 GraphQL 获取条目、聚合物实体、实验方法、分辨率等元数据;以下载链接获取 PDB、mmCIF 或 BinaryCIF 格式坐标及生物组装文件;批量处理多个 PDB ID;结合 BioPython 解析坐标。

使用方式:安装官方客户端 uv pip install rcsb-api(旧包 rcsbsearchapi 已弃用)。使用 rcsbapi.search 进行检索:TextQuery("hemoglobin")、AttributeQuery、SequenceQuery、StructSimilarityQuery,可用 & 组合。使用 rcsbapi.data 的 fetch 与 Schema 获取数据,或传入 GraphQL 查询。坐标文件可经 https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.pdb、.cif 等下载。

关键概念:PDB ID 为 4 字符标识(AlphaFold/ModelArchive 以 AF_、MA_ 开头);mmCIF/PDBx 为现代格式;生物组装为功能形式;分辨率数值越低细节越高;entity 为结构中独立分子组分。

限制:依赖网络与官方 API,可能受速率限制;序列/结构相似性检索需注意阈值;部分高级功能与数据字段以官方 API 文档为准;本资料未提供收费、价格或具体平台支持信息。