用途：Biopython 是面向计算分子生物学的 Python 工具集，覆盖序列处理、文件读写与格式转换、数据库访问、结构生物信息学、系统发育等任务。
主要能力：Bio.Seq 与 Bio.SeqIO 负责序列操作及 FASTA、GenBank、FASTQ 等格式读写转换；Bio.Align 与 Bio.AlignIO 支持双序列与多序列比对；Bio.Entrez 以编程方式访问 NCBI 数据库（GenBank、PubMed、Protein、Gene 等）；Bio.Blast 运行并解析 BLAST 结果；Bio.PDB 解析 PDB/mmCIF 结构并按 SMCRA 层级导航；Bio.Phylo 读写与可视化系统发育树；此外还有 motifs、PopGen、SeqUtils、Restriction、Cluster、GenomeDiagram 等模块。
使用方式：安装命令为 uv pip install biopython（需 Python 3 与 NumPy）。访问 NCBI 时必须设置邮箱：from Bio import Entrez; Entrez.email = "your.email@example.com"，可选设置 Entrez.api_key 提高速率限制（10 req/s 而非 3 req/s）。常见用法包括用 SeqIO.parse 逐条读取序列、用 SeqIO.convert 转换格式、用 Entrez.esearch/efetch 检索下载、用 NCBIWWW.qblast 与 NCBIXML 执行并解析 BLAST、用 PDBParser 解析结构、用 Phylo.read 与 draw_ascii 处理树。
适用场景：DNA/RNA/蛋白质序列分析、格式转换、NCBI 数据批量获取、BLAST 检索、比对、蛋白结构分析、系统发育树构建、基序与序列统计（GC 含量、分子量、熔解温度）等。
限制：需自行遵守 NCBI 速率限制并设置邮箱；网络操作与文件解析可能失败，需处理异常；比对前序列需等长；大规模 BLAST 建议本地运行或缓存结果；PDB 解析可用 PDBParser(QUIET=True) 抑制警告。官方文档见 https://biopython.org/docs/latest/，GitHub 见 https://github.com/biopython/biopython。