用途：计算翻译效率（Translation Efficiency, TE = Ribo-seq reads / RNA-seq reads），用于比较不同条件间的翻译调控。
主要概念：TE > 1 表示翻译高效（每条 mRNA 上核糖体更多）；TE < 1 表示翻译效率低；TE 变化提示存在翻译调控。
主要能力：
- 使用 Plastid 的 BAMGenomeArray、GTF2_TranscriptAssembler 按转录本计算 TE，按 CDS 长度与转录本长度做 RPK 标准化，逐基因输出 ribo_counts、rna_counts、te 等字段。
- 差异 TE 分析：可用 R 包 riborex，输入 RNA 与 Ribo 计数矩阵及条件因子，取 padj < 0.05 为显著差异 TE；也可用 DESeq2 交互模型（design = ~ condition + assay + condition:assay），交互项即差异 TE 检验。
- 计数标准化：提供 TPM 与 RPKM 的归一化函数，并可对 TE 矩阵加伪计数后取 log2。
解释参考：log2 TE 变化 > 1 强翻译激活；0.5–1 中度激活；-0.5–0.5 无显著变化；-1 至 -0.5 中度抑制；< -1 强翻译抑制。
相关技能：rna-quantification（获取 RNA-seq 计数）、differential-expression（比较表达）、orf-detection（识别翻译 ORF）。
限制：资料未提供具体安装命令、软件版本、运行平台依赖、输入数据格式细节、统计假设与性能信息，以上暂未提供。