用途：本技能面向脊椎动物基因组计划（VGP）的高质量、分相、染色体级别基因组组装，覆盖 Galaxy 工作流的选择、执行模式与质量控制检查点。
主要能力：按数据可用性选择轨迹。轨迹A（HiFi+Hi-C，最常见）：WF1→WF4→[WF6]→WF8→WF9→PreCuration，输出 hap1/hap2。轨迹B（HiFi+Trio）：WF2→WF5→[WF6]→WF8→WF9→PreCuration，输出母源/父源。轨迹C（仅HiFi）：WF1→WF3→WF6→WF9→PreCuration，输出 primary/alternate，跳过WF8。WF6在轨迹C必需，A/B可选。工作流包括WF0线粒体、WF1/WF2 k-mer分析、WF3/WF4/WF5组装、WF6去重、WF8 Hi-C挂载、WF9去污染、PreCuration与PostCuration。
使用方式：运行前检查Galaxy账户配额（250GB），配额满时上传任务会暂停并报错，可用 mcp__Galaxy__connect 与 mcp__Galaxy__get_user 查看 quota_percent。Hi-C读段需构建 list:paired 集合。覆盖度建议HiFi≥30x、Hi-C≥60x。QC检查点位于k-mer分析、组装、挂载、去污染之后。
限制与注意：WF7已弃用；BUSCO已由Compleasm替代；染色体命名为SUPER_N；Compleasm参数需传 lineage（如 vertebrata_odb10）而非busco版本；vgp_chromosome_assignment v1.1 对含Unloc的多组件scaffold会崩溃；标签继承可能导致Curated Hap2误带#hap1。具体版本与Dockstore ID以资料为准。