用途：面向系统发育树的分析、可视化与注释管理，尤其针对 iTOL 可视化中物种名不匹配、注释文件不同步等常见问题提供排查与修复流程。
主要能力：一是 iTOL 注释文件排错，处理树处理工具（如 TimeTree）缩写物种名、大小写不一致（Alca_Torda 与 Alca_torda）、仅保留属名等情况；二是文件同步，新增或删除物种时需同步更新树文件（.nwk）、数据源（.csv）、itol_colorstrip_final.txt、itol_labels_final.txt、itol_branch_colors_final.txt；三是鱼类分类简化，在科学准确分类（无颌鱼、软骨鱼、肉鳍鱼、辐鳍鱼）与可视化简洁分类之间按用户偏好取舍；四是批量安全编辑 iTOL 注释文件，更新后重新统计类别数量并同步图例。
使用方式：用 grep 与 comm 对比原始树与处理后树的物种名，例如 grep -o "[A-Z][a-z]_[a-z]" Tree.nwk | sort -u > original_names.txt，再对 Tree_final.nwk 执行同样操作并用 comm -3 找出差异；用脚本核对各文件物种数是否一致；批量更新时定位 DATA、LEGEND_LABELS、LEGEND_COLORS 行，按物种更新颜色与类别，重算计数后写回。
适用场景：系统发育树可视化前的数据清洗、iTOL 注释维护、物种分类分组调整。
限制：资料未提供具体安装方式、依赖版本、收费信息与完整脚本，实际使用需自行准备环境并验证结果。