用途:该技能用于访问和导航 GenomeArk 公共 AWS S3 存储桶(s3://genomeark/),获取脊椎动物基因组计划(VGP)的基因组组装与质控数据,适合比较基因组研究、自动化数据获取管线以及排查 S3 路径问题。
主要能力:可定位 VGP 组装(primary、alternate、trio、Verkko 等)、质控指标(GenomeScope、BUSCO、Merqury)、中间文件(meryl 数据库、k-mer 直方图)与组装评估报告。目录结构为 species/{Genus_species}/{ToLID}/assembly_vgp_{type}_{version}/,其中 evaluation/ 是质控数据主要入口,intermediates/meryl/ 存放 k-mer 数据。
使用方式:公共桶无需 AWS 凭证,使用 --no-sign-request。示例命令:aws s3 cp {s3_path} - --no-sign-request。建议请求间加 0.2 秒延迟。路径需注意大小写,如 assembly_vgp_hic_2.0 应规范化为 assembly_vgp_HiC_2.0。GenomeScope 文件名有三种模式(双下划线、单下划线、无前缀),需全部尝试;BUSCO 子目录需动态搜索;meryl 直方图应下载 .hist 文件(约 700KB)而非完整数据库(约 10GB)。
适用场景:获取 VGP 组装与质控数据、下载基因组评估数据、构建自动获取管线、处理物种特异性基因组数据。
限制:GenomeArk 目录结构随时间演变(2022 至 2024+),需实现回退路径模式;组装目录命名存在多种变体(含旧版本、机构专用、无 assembly_ 前缀等),需全面匹配;GenomeScope 失败运行(杂合度范围超过 50% 或最大值超过 95%)应剔除。详细代码与策略见配套文件 assembly-date-extraction.md、qc-data-fetching.md、best-practices.md。