SuperAPI AI 工具集

galaxy-workflow-development

编程与开发

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更新于 10-15 21:08

技能介绍

用途:依据 Intergalactic Workflow Commission(IWC)标准,协助创建、校验、测试和优化 Galaxy 工作流(.ga 文件),并遵循 IWC 最佳实践。

主要能力:掌握 .ga 的 JSON 结构与顶层元数据(a_galaxy_workflow、annotation、creator、format-version、license、release、name、tags、uuid、version);支持 data_input、data_collection_input、parameter_input、tool、text 等步骤类型,以及 workflow_outputs、frames、reports、post-job actions、when 条件执行和参数工具(compose_text_param、map_param_value、pick_value、param_value_from_file)。提供命名约定(目录/文件名小写加连字符,工作流名可读,输入输出标签描述性)、通用化设计、固定工具版本、CHANGELOG 与语义化版本等规则。

使用方式:测试文件命名为 workflow-name-tests.yml,每个工作流至少一个测试用例;小于 100KB 的测试数据放 test-data/,大于等于 100KB 上传 Zenodo 并附 SHA-1。常用命令:planemo workflow_lint --iwc .(参数为工作流目录而非 .ga 文件);planemo test --fail_fast --galaxy_url https://usegalaxy.org --galaxy_user_key "$API_KEY" workflow.ga;仅改测试 YAML 且已有成功调用时用 planemo workflow_test_on_invocation --galaxy_url https://usegalaxy.org --galaxy_user_key "$API_KEY" --test_index 1 workflow-tests.yml <INVOCATION_ID>。优先在在线 Galaxy 实例测试。

适用场景:新建工作流、编写测试、评审、调试、更新版本与撰写文档。

限制:Galaxy 参数工具比较能力有限,无法直接做范围比较,需借助 awk 步骤;工作流输出标签不支持变量插值;可选数据集输入需经 pick_value 中转;重新导出 .ga 可能丢失 release、annotation、tags 等元数据,需重新补全。其余细节暂未提供。