SuperAPI AI 工具集

galaxy-tool-wrapping

编程与开发

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更新于 10-15 21:08

技能介绍

用途:帮助用户创建、测试、调试和改进 Galaxy 工具 XML 包装器,把命令行工具转换为 Galaxy 工具,并生成用于 Tool Shed 提交的 .shed.yml。前提是依赖 galaxy-automation 技能以使用 Planemo 测试与工作流执行模式。

主要能力:涵盖 Galaxy 工具 XML 结构(tool、description、requirements、command、inputs、outputs、tests、help、citations);Cheetah 模板与条件、循环、CDATA 用法;输入参数类型与校验;输出命名、格式发现与集合;依赖管理(conda、容器);自定义数据类型注册;为比对工具添加索引支持;用符号链接路由输出;用 format_source 动态匹配输出格式;测试写法与条件包装;以及 .shed.yml 元数据。

使用方式:常用 Planemo 命令包括 planemo test tool.xml、planemo serve tool.xml、planemo lint tool.xml、planemo shed_update --shed_target toolshed、planemo test --conda_auto_init --conda_auto_install tool.xml,以及 planemo lint --skip ConditionalParamTypeBool,DatatypesCustomConf .。测试参数需包在对应 conditional 块中,避免校验警告。

适用场景:从零编写包装器、转换命令行工具、调试 XML 校验错误、编写 Planemo 测试、实现条件参数与数据类型、处理依赖、创建工具集合、优化资源分配、理解 Galaxy 数据类型。

限制:资料未提供收费、价格与平台信息;planemo test 无法正确暂存 class="Directory" 测试数据集,此类测试在 IUC CI 通过但本地失败;大输出文件(超过 1MB)应改用断言式测试。相关技能包括 galaxy-automation、galaxy-workflow-development、conda-recipe、bioinformatics-fundamentals。