用途：为研发项目提供文件夹组织与命名规范指导，适用于新建项目、重组现有项目、建立团队约定、构建可复现研究结构以及管理数据密集型项目。
主要能力：给出研究/分析、开发、生物信息学、Notebook 数据分析等标准目录模板；文件命名规则（小写加连字符或下划线、描述性命名、日期版本、序号补零）；版本控制提交与忽略清单及 .gitignore 模板；数据分层（raw/interim/processed/external）与原始数据只读原则；MANIFEST.md 导航系统，声称可减少 85-90% 会话启动 token；弃用而非删除的策略；项目重组步骤与路径更新、文件计数校验；文档标准与 README 要求。
使用方式：按项目类型选用结构模板；用 mkdir -p data/{raw,processed,external} notebooks scripts src tests docs results config 创建标准研究项目结构，并创建 README.md、.gitignore、environment.yml；会话结束用 /update-manifest 更新清单；重组后用 grep -r 搜索脚本与 Notebook 中的文件引用并测试运行。
限制：资料未提供具体安装方式、收费信息、平台支持范围与效果数据；部分内容依赖配套文件（如 project-structures.md、manifest-system.md 等），这些文件的具体内容暂未提供。