用途：把研究项目文档按结构化方式组织，区分内部工作文件与可对外分享内容，便于开发中查找文档、准备分享包、维护整洁专业的文档并协作。
主要能力：提供推荐目录结构，如 data_descriptions、methods、results、reference 为可分享目录，progress、action_reports、todos、internal、deprecated 为内部目录；给出各目录的用途、应包含内容与命名模式匹配规则；提供分享包选择清单（SHARE_INCLUDE 与 INTERNAL_EXCLUDE）；说明基于目录过滤优于文件模式匹配，并给出 share-project 命令中的过滤实现思路。
使用方式：新项目可用 mkdir -p documentation/{data_descriptions,methods,results,reference,progress,action_reports,todos,internal,deprecated} 创建结构，并创建 documentation/README.md 索引；已有项目建议逐步重组：创建新结构、移动文件、更新引用、测试 notebook 仍可用。分享时仅包含 data_descriptions、methods、results、reference，排除 progress、action_reports、todos、internal、deprecated、logs、working_files。
适用场景：研究项目文档管理、分享包制作、文档迭代与归档、团队协作。
限制：资料未提供具体安装命令、收费、平台或效果数据；迁移细节需参考 migration-guide.md，MANIFEST 更新参考 manifest-updates.md，版本控制与示例参考 version-control-and-examples.md。