用途:整理和生成出版级生物信息学图表,涉及系统发育树、基因组浏览器与 iTOL 数据集的数据呈现。
主要能力:
- iTOL 数据集类型选择。推荐 DATASET_BINARY 用于标记/符号,要求列出全部物种并给 0 或 1,兼容性优于 DATASET_SYMBOL;DATASET_COLORSTRIP 适合颜色渐变(如时间数据、连续值),只需列出有数据的物种。DATASET_SYMBOL 对格式敏感、易出错,若非必要应避免。
- 常见 iTOL 报错修复。"Unknown variable 'SYMBOL_SHAPE'" 多因混用全局符号设置与逐物种数据,改用 DATASET_BINARY;"Invalid color '1'" 多因 SYMBOL 格式不匹配,改用物种名加制表符加 0/1 的 BINARY 格式;符号未在树上出现时优先转换为 BINARY,并核对配置内所有物种都存在于树文件。
- 物种名兼容。树与注释文件物种名须完全一致,注意大小写、空格与下划线(树格式用下划线)、三亚种名。
- 时间数据配色。旧到新可用浅黄到深红(如 ColorBrewer YlOrRd,示例 #ffffcc 至 #b10026);避免蓝到黄到红这类中间点易混淆的方案;顺序数据可选 YlOrRd、YlGn、PuBuGn。
使用方式:生成配置文件后上传至 iTOL(https://itol.embl.de);出现错误时保存报错信息,检查格式为 BINARY、SYMBOL 还是 COLORSTRIP,校验物种名与树文件匹配,先用 5 至 10 个物种的最小数据集测试,必要时从 SYMBOL 切换为 BINARY。可配合正则提取树中物种并对比配置,或用 Python 将学名替换空格为下划线并规范下划线后大小写。
适用场景:系统发育树注释、存在/缺失标记、技术指标高亮、时间或连续值渐变呈现。
限制:iTOL 数据库的具体版本与容量、各数据集类型支持的完整字段清单、颜色方案的准确映射值等暂未提供;相关技能含 data-visualization、bioinformatics/fundamentals、bioinformatics/phylogenetics。