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torchdrug

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更新于 10-15 20:34

技能介绍

用途:TorchDrug 是面向药物发现与分子科学的 PyTorch 机器学习工具箱,用图神经网络、预训练模型和任务定义处理分子、蛋白质及生物知识图谱。

主要能力:分子性质预测(ADMET、毒性、活性、量子化学性质、结合亲和力);蛋白质建模(酶功能、稳定性、亚细胞定位、相互作用、结构预测);知识图谱推理(药物重定位、基因-疾病关联、多跳推理);分子生成(从头设计、先导优化、性质引导生成);逆合成(反应中心识别、合成子补全、多步路线规划)。提供 40+ 数据集与 20+ 模型架构,如 GIN、GAT、SchNet、GearNet、ESM、ProteinBERT、TransE、RotatE、ComplEx、GCPN 等。

使用方式:安装命令为 uv pip install torchdrug,可选依赖用 uv pip install torchdrug[full]。典型流程为加载数据集(如 datasets.BBBP)、定义模型(如 models.GIN)、创建任务(如 tasks.PropertyPrediction)、用 PyTorch 优化器训练。可与 RDKit 互转分子、加载 AlphaFold 预测结构、用 PyTorch Lightning 封装任务。

适用场景:分子性质与 ADMET 预测、蛋白质功能与结构任务、生物医学知识图谱补全、从头分子生成、逆合成路线规划。

限制:资料未提供收费、价格与平台信息;性能依赖数据划分与模型选择,分子任务建议用 scaffold 划分,大图需注意显存,生成分子需做有效性校验。官方文档 https://torchdrug.ai/docs/,GitHub https://github.com/DeepGraphLearning/torchdrug。