rdkit

用途：RDKit 是化学信息学工具库，提供 Python API 进行分子分析与操作，适用于药物发现、计算化学和化学信息学研究。

主要能力：

1. 分子读写：用 Chem.MolFromSmiles、MolFromMolFile、MolFromMolBlock、MolFromInchi 读取结构，用 MolToSmiles、MolToMolBlock、MolToInchi 输出；支持 SDMolSupplier、SmilesMolSupplier、ForwardSDMolSupplier、MultithreadedSDMolSupplier 批量读取和 SDWriter 写出。
2. 清洗与校验：解析时自动 sanitize，可关闭或手动调用 Chem.SanitizeMol，用 DetectChemistryProblems 检测问题。
3. 结构与性质：遍历原子/键、环信息、手性中心、片段分析、Murcko 骨架；用 Descriptors 计算分子量、LogP、TPSA、氢键供受体、可旋转键、芳香环等，并可检查 Lipinski 五规则。
4. 指纹与相似性：RDKFingerprint、Morgan、MACCS、AtomPair、Torsion 等指纹，用 DataStructs 计算 Tanimoto、Dice、Cosine 相似度，支持 Butina 聚类。
5. 子结构检索：用 SMARTS 查询，HasSubstructMatch、GetSubstructMatches 匹配。
6. 化学反应：ReactionFromSmarts 定义反应并 RunReactants 生成产物。
7. 2D/3D 坐标：Compute2DCoords、EmbedMolecule、EmbedMultipleConfs，UFF/MMFF 优化，RMSD 与对齐。
8. 可视化：Draw.MolToImage、MolsToGridImage、rdMolDraw2D 自定义绘制，支持高亮子结构、Jupyter 内联显示。
9. 分子修饰与标准化：加/删氢、Kekulize、ReplaceSubstructs、Uncharger 中和电荷、rdMolHash 生成哈希、随机 SMILES。
10. 药效团：ChemicalFeatures 加载特征工厂并提取特征。

使用方式：安装与运行命令资料未提供；示例代码均以 Python 导入 rdkit 模块的方式给出。

限制：MolFrom* 失败返回 None，需先判空；自动 sanitize 可能因价键或芳香性错误抛异常；部分功能（如 Avalon 指纹）标注为“if available”。收费、价格、平台与效果资料未提供。