medchem

Medchem 是面向药物发现工作流的 Python 分子过滤与优先级排序库，可对化合物库进行大规模筛选。主要能力包括：成药性规则（Rule of Five/Lipinski、Oprea、CNS、leadlike、rule of three、Reos、drug、Veber、Golden triangle、PAINS）；结构警报过滤（Common Alerts、NIBR、Lilly Demerits，后者含 275 条规则、超过 100 分即拒绝）；官能团检测（hinge binders、phosphate binders、Michael acceptors、反应性基团及自定义 SMARTS）；命名目录（官能团、保护基、常用试剂、标准片段）；复杂度指标（Bertz、Whitlock、Barone）；自定义约束（分子量、LogP、TPSA、可旋转键）；以及 Medchem 查询语言（如 "rule_of_five AND NOT common_alerts"）。用法上通过 uv pip install medchem 安装，使用 medchem.rules、medchem.structural、medchem.functional、medchem.groups、medchem.catalogs、medchem.complexity、medchem.constraints、medchem.query 等模块，支持 n_jobs=-1 并行处理，结果以字典返回通过/失败及详情。适用于化合物库初筛、先导化合物优化、化合物质量评估与反应性基团检测。限制：规则与过滤具有情境依赖性，应结合领域知识作为指导而非绝对标准；已上市药物常不满足标准过滤，前药可能有意违反规则；官方文档见 https://medchem-docs.datamol.io/，GitHub 见 https://github.com/datamol-io/medchem。