用途：gget 是命令行生物信息学工具兼 Python 包，提供对 20 多个基因组数据库和分析方法的统一访问，覆盖基因信息、序列分析、蛋白结构、表达数据和疾病关联。所有模块既可作命令行工具，也可作 Python 函数调用。
主要能力：参考基因组下载与物种列表（ref）；按名称或描述搜索基因（search）；从 Ensembl、UniProt、NCBI 获取基因/转录本信息（info）；获取核苷酸或氨基酸序列（seq）；BLAST、BLAT、Muscle5 多序列比对、DIAMOND 局部比对；RCSB PDB 结构查询与 AlphaFold2 结构预测；真核线性基序预测（elm）；ARCHS4 共表达与组织表达、CELLxGENE 单细胞数据、Enrichr 富集分析、Bgee 同源与表达、OpenTargets 疾病药物关联、cBioPortal 癌症基因组热图、COSMIC 体细胞突变查询、mutate 生成突变序列。
使用方式：命令行格式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。多数模块命令行默认返回 JSON，加 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。通用参数包括 -o/--out 保存结果、-q/--quiet 静默、-csv 输出 CSV。安装建议在干净虚拟环境中进行：uv pip install gget，或 uv pip install --upgrade gget。部分模块需额外设置，如 gget setup alphafold（需先安装 openmm）、gget setup elm、gget setup cellxgene。
适用场景：需要快速进行 BLAST 搜索、批量查询基因与序列信息、获取蛋白结构或预测结构、做富集与表达分析、查询疾病与药物关联的生物信息学工作流。
限制：所查询数据库持续更新，结构可能变化，模块每两周自动测试并在必要时更新。info 模块 ID 数量上限约 1000。COSMIC 商业使用需支付许可费并需账号凭据，查询前需先下载 TSV 文件。AlphaFold 需先安装 OpenMM 并执行 setup。部分参数与返回格式因模块而异，具体以各模块文档为准。