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dnanexus-integration

数据与分析

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更新于 10-15 20:34

技能介绍

用途:在 DNAnexus 云端生物医学数据分析平台上构建与运行基因组学流水线,适合应用开发、数据管理、作业执行与 Python 自动化场景。

主要能力分为五部分:一是应用开发,用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python 或 Bash 应用入口,处理输入输出对象,通过 dx build 或 dx build --app 部署并测试;二是数据操作,上传下载文件、创建带元数据的记录、按名称/属性/类型搜索、跨项目克隆、管理文件夹与权限;三是作业执行,用 applet.run() 或 app.run() 启动分析、监控状态与日志、创建并行子作业、构建多步工作流;四是 dxpy Python SDK,提供 DXFile、DXRecord、DXApplet 等处理器类与高层函数;五是配置与依赖,编写 dxapp.json 定义输入输出与运行规格,用 execDepends 安装系统包、集成 Docker、配置实例类型与超时。

使用方式:安装 uv pip install dxpy,用 dx login 登录,dx --version 和 dx whoami 验证。常见模式包括批量并行处理、链式多步流水线、按实验/样本组织数据。

适用场景:比对与变异检测流水线、质量控制与过滤、格式转换、测序数据上传与归档、参考基因组管理、多样本并行分析。

限制与注意:需具备 DNAnexus 平台访问权限与项目资源;实例类型、存储与费用策略资料未提供具体细节,暂未提供;应避免在源码中硬编码凭证,并对 API 调用做错误处理。更多细节见官方文档 https://documentation.dnanexus.com/、API 参考 http://autodoc.dnanexus.com/ 与 GitHub 仓库 https://github.com/dnanexus/dx-toolkit。