用途:该技能提供对 CZ CELLxGENE Discover 标准化单细胞基因组数据的程序化访问,覆盖 6100 万以上人类与小鼠细胞,含标准化元数据、原始表达矩阵、预计算嵌入与统计,适合按细胞类型、组织、疾病查询表达数据、探索数据集、训练机器学习模型及跨数据集大规模分析。
主要能力:可用 get_obs/get_var 查询细胞与基因元数据;用 get_anndata 获取中小规模表达数据;用 axis_query 配合迭代器做超内存的大规模处理;通过 experimental.ml 的 experiment_dataloader 与 PyTorch 集成;也可直接接入 scanpy 工作流。
使用方式:安装 uv pip install cellxgene-census,机器学习场景安装 uv pip install cellxgene-census[experimental]。用 with cellxgene_census.open_soma() as census 打开,建议指定 census_version 以保证可复现。过滤用 obs_value_filter 与 var_value_filter,支持 and、or、in 语法;查询前建议先用 get_obs 估算细胞数,超过约 10 万改用 out-of-core 处理。
适用场景:组织内细胞类型探索、标记基因表达查询、细胞类型分类器训练、跨组织分析等。
限制:查询需注意内存,避免重复计数应加 is_primary_data == True;基因名区分大小写,未找到时可改用 Ensembl ID;部分基因可能在构建时被过滤。具体收费、平台与效果资料未提供。