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bioservices

编程与开发

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更新于 10-16 08:35

技能介绍

用途:BioServices 是访问约 40 个生物信息学服务和数据库的 Python 包,用于检索生物数据、执行跨数据库查询、映射标识符、分析序列并整合多个生物资源,透明处理 REST 与 SOAP/WSDL 协议。

主要能力:蛋白质分析方面,UniProt 提供 search() 搜索、retrieve() 获取 FASTA/XML/tab 格式条目、mapping() 在 UniProtKB、KEGG、Ensembl、PDB、RefSeq 等之间转换标识符。通路分析方面,KEGG 可按名称查找通路与生物体、按基因找通路、parse() 解析数据、parse_kgml_pathway() 提取相互作用、pathway2sif() 输出简单交互格式。化合物方面,可在 KEGG 按名称检索(如 cpd:C11222),并用 UniChem 实现 KEGG 到 ChEMBL 等映射,ChEBI 链接常在 KEGG 条目中给出。序列分析方面,NCBIblast 支持异步提交 BLAST 作业、查询状态并取回结果,运行需提供 email。其他包括 QuickGO 的 Term() 与 Annotation()、PSICQUIC 的 query() 查询 MINT、IntAct、BioGRID、DIP 等交互数据库,以及 BioMart、ArrayExpress、ENA 等基因组数据挖掘。

使用方式:按官方安装命令安装,导入相应类并创建实例后调用方法。可通过 verbose=False 抑制 HTTP 细节,设置 TIMEOUT 调整超时。需在 try-except 中处理错误;BLAST 为异步任务,需先查状态再取结果。

适用场景与限制:适合需要整合多个生物数据库的 Python 工作流,并可配合 BioPython、Pandas、PyMOL、NetworkX、Galaxy 使用。官方文档与源码地址已提供。收费、价格、性能与效果等信息暂未提供。