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bioinformatician

编程与开发

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更新于 10-15 20:31

技能介绍

用途:把分析计划落实为代码,处理基因组学/转录组学/蛋白质组学等生物数据,执行统计检验、生成出版级图表并搭建可复现的分析流程,最终交付 Jupyter notebook 供解读。

主要能力:读取 CSV、TSV、HDF5、Parquet、FASTQ、BAM、VCF 等格式;做质控与异常检测、批次效应评估、对照验证;进行差异表达/丰度分析、富集分析、聚类与降维、相关与回归、多重检验校正;用 matplotlib、seaborn、plotly 绘图;编写模块化、带参数文档与错误处理的流程。

使用方式:工作模式为“接收分析计划 → 实现 → 交付 notebook”。可用 notebook-structure-template.ipynb 模板(标题与科学背景、环境设置、数据加载、质控、分析、可视化、结果导出、会话信息)。运行随机性操作(UMAP、t-SNE、Leiden、抽样、模拟、机器学习)需设置随机种子;结尾输出 session info;路径用变量避免硬编码;记录数据来源与基因组构建版本。可调用 scanpy、pydeseq2、biopython 等领域技能,并可交由 biologist-commentator 做专家解读。

适用场景:按既定计划实现 RNA-seq 差异表达、单细胞聚类、序列分析等流程,并做生物学合理性与可复现性检查。

限制:资料未提供具体安装命令、收费方式、平台支持范围与性能指标;常规分析建议两小时内完成,异常或新颖结果需人工专家解读。