用途:TorchDrug 是 PyTorch 原生的图神经网络工具箱,面向药物发现与分子科学,可对分子、蛋白质和生物知识图谱应用 GNN、预训练模型与任务定义。
主要能力:分子性质预测(类药性、ADMET、毒性、量子化学性质、结合亲和力);蛋白质建模(酶功能、稳定性、亚细胞定位、相互作用、结构预测);知识图谱推理(药物重定位、疾病机制、基因-疾病关联);分子生成(从头设计、先导优化、性质引导生成);逆合成(反应中心识别、合成子补全、多步路线规划)。提供 40+ 数据集与 20+ 模型架构,如 GIN、GAT、SchNet、GearNet、ESM、ProteinBERT、TransE、RotatE、ComplEx、GraphAutoregressiveFlow 等。
使用方式:安装命令为 uv pip install torchdrug,可选依赖用 uv pip install torchdrug[full]。典型流程为加载数据集(如 datasets.BBBP)、定义模型(如 models.GIN)、创建任务(如 tasks.PropertyPrediction)、用 PyTorch 优化器与 DataLoader 训练。可与 RDKit 互转分子、加载 AlphaFold 预测结构、用 PyTorch Lightning 封装任务。
适用场景:分子性质与蛋白质功能预测、药物-靶点结合预测、生物医学知识图谱链接预测、新分子生成、化学合成路线规划。
限制:资料未提供收费、价格与平台信息;部分能力依赖可选依赖、RDKit、AlphaFold/ESM 等外部组件;大图可能需减小批量或梯度累积,生成分子需有效性约束与 RDKit 后处理。官方文档 https://torchdrug.ai/docs/ ,GitHub https://github.com/DeepGraphLearning/torchdrug 。