SuperAPI AI 工具集

tiledbvcf

智能体与模型

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更新于 10-15 20:29

技能介绍

用途:TileDB-VCF 用于高效存储和检索基因组变异数据,基于 TileDB 稀疏数组技术,支持 VCF/BCF 文件的可扩展导入、增量添加样本(无需昂贵的合并操作),以及对本地或云端变异数据进行高效并行查询。适合学习概念与工作流、基因组分析原型、中小数据集(少于 1000 样本)、跨多样本查询特定基因组区域、云端(S3、Azure、GCS)变异数据、导出大型 VCF 子集、构建队列研究变异数据库等场景。

主要能力:创建数据集并增量导入多个 VCF/BCF;按基因组区域、样本和变异属性高效查询与过滤;导出为 VCF/BCF 或 TSV;支持等位基因频率分析与样本质控;提供 CLI 子命令 create、store、export、list、stat、utils、version。

使用方式:推荐用 Conda/Mamba 安装,例如 conda create -n tiledb-vcf "python<3.10",再 mamba install -y -c conda-forge -c bioconda -c tiledb tiledb-py tiledbvcf-py pandas pyarrow numpy;也可用 Docker 镜像 tiledb/tiledbvcf-py 与 tiledb/tiledbvcf-cli。Python 中通过 tiledbvcf.Dataset 创建、导入和读取数据,CLI 示例:tiledbvcf create --uri my_dataset、tiledbvcf store --uri my_dataset --samples sample1.vcf.gz,sample2.vcf.gz。

限制:仅支持单样本 VCF,多样本 VCF 不支持;VCF/BCF 必须带索引(.csi 或 .tbi);坐标采用 1-based 且区间两端包含;导入时需注意内存预算,避免内存耗尽;同一数据集多写入者可能损坏数据;云端访问需正确认证。大规模生产场景可迁移至 TileDB-Cloud,其具体 API 与功能需查阅官方文档。