用途：Scanpy 是面向单细胞 RNA-seq 数据的 Python 分析工具包，核心数据结构为 AnnData，覆盖从原始数据到细胞类型注释的完整流程。
主要能力：支持读取 10X（read_10x_mtx、read_10x_h5）、h5ad 与 CSV 数据；质控（线粒体基因比例、filter_cells、filter_genes）；标准化与预处理（normalize_total、log1p、highly_variable_genes、regress_out、scale）；降维（pca、neighbors、umap、tsne）；聚类（leiden）；标记基因识别（rank_genes_groups 及热图、点图）；细胞类型注释；轨迹推断（paga、dpt）；条件间差异表达；基因集打分（score_genes）；批次校正（combat）。
使用方式：典型流程为加载数据、质控、标准化、特征选择、降维、聚类、标记基因识别、注释与保存。示例：sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)；sc.pp.log1p(adata)；sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')；sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)；sc.tl.umap(adata)；sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5)。附带脚本可用 python scripts/qc_analysis.py input.h5ad --output filtered.h5ad --mt-threshold 5 --min-genes 200 --min-cells 3。
适用场景：单细胞转录组质控、可视化、聚类与细胞类型注释、轨迹与伪时间分析、差异表达及发表级图表制作。
限制：资料未提供收费、价格与平台信息；部分功能（如 Harmony、scVI）需依赖其他包；参数阈值需按数据质量调整，聚类分辨率需多次尝试，注释需用多个标记基因验证。