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primekg

数据与分析

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更新于 10-15 20:29

技能介绍

用途:该技能用于查询精准医学知识图谱 PrimeKG,整合 20 多个主数据库与科学文献,包含约 12.9 万节点、400 万条边和 29 种关系类型,覆盖药物-靶点、疾病-基因、表型-疾病等关联,适合知识驱动的药物发现、药物重定位、表型分析、多尺度生物学和网络药理学研究。

主要能力:搜索节点(基因、蛋白、药物、疾病、表型);获取直接邻居及关系类型;分析疾病局部上下文(相关基因、药物、表型);识别药物-疾病路径以发现潜在重定位机会。关系类型包括 protein_protein、drug_protein、disease_gene、drug_disease、disease_phenotype、gwas 等。

使用方式:通过 scripts/query_primekg.py 以编程方式访问,数据为 CSV 格式,位于 C:\Users\eamon\Documents\Data\PrimeKG\kg.csv(另一处写为 /mnt/c/Users/eamon/Documents/Data/PrimeKG/kg.csv),基于 pandas 查询。核心函数包括 search_nodes、get_neighbors、get_disease_context。示例:from scripts.query_primekg import search_nodes; results = search_nodes("Alzheimer", node_type="disease");get_neighbors("EFO_0000249");get_disease_context("Alzheimer's disease")。

最佳实践:先用 search_nodes 获取正确 ID 再调用 get_neighbors;先用 get_disease_context 获取概览;可用 relation_type 过滤特定证据;可结合 OpenTargets 或 Semantic Scholar 补充证据与文献。

限制:资料未提供安装步骤、依赖版本、数据更新频率、许可与收费信息;数据路径为本地绝对路径,需自行准备 kg.csv 文件。