用途：重建生物序列（基因、蛋白、基因组）的进化历史，推断分支关系。典型场景包括判断序列亲缘关系、病毒传播动态追踪、蛋白家族进化分析、水平基因转移检测、祖先序列重建、分子钟分歧时间估计、变异株进化定位、16S rRNA 或核心基因组物种系统发育。
主要能力：MAFFT 做多序列比对，支持 auto、einsi、linsi、fftnsi、fftns、retree2 等方法；TrimAl 可选修剪低质量比对列；IQ-TREE 2 做最大似然建树并自动选模型（-m TEST），支持超快自举（-B 1000）与时间序列分子钟分析；FastTree 提供快速近似 ML，适合大数据集；ETE3 用于加载 Newick、计算叶节点数、总枝长、叶间距离、查找最近共同祖先、中点生根、剪枝与渲染图片。
使用方式：安装命令为 conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree 与 pip install ete3。标准流程为比对→（可选）修剪→建树→分析可视化。IQ-TREE 常用参数：-s 比对文件、--prefix 输出前缀、-m 模型、-B 自举次数、-T 线程数、--redo。FastTree 核酸用 FastTree -nt -gtr，蛋白用 FastTree -lg 等。ETE3 通过 Tree 加载树文件，set_outgroup 生根，render 输出图片。
限制与注意：比对质量直接决定树可靠性，需人工检查；小数据集（<200 序列）宜用 linsi，大数据集用 fftns 或 auto；超过约 5000 序列时 IQ-TREE 较慢，可改用 FastTree；无根树可能产生误导，应使用外群或中点生根；病毒与细菌序列建树前建议先检测重组。具体收费、平台与效果资料暂未提供。