用途:分析 Neuropixels 高密度神经记录,支持从原始数据到可发表级筛选单元(curated units)的完整流程,遵循 SpikeInterface、Allen Institute 与 IBL 的当前最佳实践。
主要能力:加载 SpikeGLX(.ap.bin/.lf.bin/.meta)、Open Ephys(.continuous/.oebin)与 NWB 格式;预处理(高通滤波、相位偏移、坏通道检测、共参考);运动/漂移估计与校正;尖峰排序(Kilosort4、SpykingCircus2、Mountainsort5、Tridesclous2);质量指标(SNR、ISI 违规、presence ratio 等);按 Allen/IBL 标准筛选单元;可视化;导出到 Phy 或 NWB。支持 Neuropixels 1.0(960 电极/384 通道,需 phase_shift)与 2.0(单探针 1280、四探针 5120)。
使用方式:安装 pip install spikeinterface[full] probeinterface neo、pip install neuropixels-analysis,排序器按需安装 kilosort(需 GPU)、spykingcircus、mountainsort5,AI 筛选可选 anthropic。基本流程为读取记录、预处理、检查漂移、运行排序器、创建 SortingAnalyzer 计算扩展与质量指标、筛选、导出。提供一键 run_pipeline,以及 scripts/preprocess_recording.py、run_sorting.py、compute_metrics.py、export_to_phy.py 等脚本。
适用场景:Neuropixels 电生理数据的科研分析、单元质量评估与人工复核准备。
限制:Kilosort4 需 GPU;Neuropixels 1.0 必须做相位偏移校正;漂移超过 10μm 会显著影响排序质量,需先检查校正;自动筛选仅为起点,关键实验建议导出 Phy 人工复核。具体收费、价格与效果资料暂未提供。