SuperAPI AI 工具集

imaging-data-commons

数据与分析

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更新于 10-16 05:04

技能介绍

用途:通过 Python 包 idc-index 查询并下载 NCI Imaging Data Commons(IDC)中的公开癌症影像数据,访问无需认证。适用于查找公开放射影像(CT、MR、PET)或病理切片显微镜图像、按癌种与模态等元数据筛选子集、下载 DICOM 数据、使用前核查许可,以及无需本地 DICOM 查看器即可在浏览器中可视化。

主要能力:以 SQL 查询元数据(client.sql_query)、按选择下载 DICOM(client.download_from_selection)、生成浏览器查看链接(client.get_viewer_URL)。数据模型在标准 DICOM 层级上增加 collection_id(按疾病/模态分组)与 analysis_result_id(分割、标注等衍生对象)。提供 index、prior_versions_index、collections_index、clinical_index、sm_index、seg_index、ann_index、rtstruct_index、volume_geometry_index 等索引表,可按 collection_id、SeriesInstanceUID、StudyInstanceUID、PatientID 等字段关联。另有临床数据表、云端对象存储(S3/GCS)、DICOMweb、Parquet 直查等访问方式。

必要用法:安装 pip install --upgrade idc-index;需在代码中核对包版本与 IDC 数据版本(资料标注当前为 v23,实测版本 idc-index 0.11.14)。

限制:当前 IDC 数据版本与包版本须以实际 client.get_idc_version() 为准;部分集合(约 4% 数据)商业使用受限(CC BY-NC);BigQuery 访问需 GCP 账号。具体字段与命令细节以公开文档为准。