SuperAPI AI 工具集

glycoengineering

通用与其它

查看项目

更新于 10-15 20:29

技能介绍

用途:面向抗体工程、治疗性蛋白设计、疫苗抗原设计、生物类似药表征、药靶分析与蛋白稳定性研究的糖基化分析与改造。

主要能力:

  1. N-糖基化序列子扫描:识别N-X-[S/T](X≠Pro)位点,给出1基位置、motif、±3残基上下文并区分NXS/NXT,可生成研究日志摘要。资料附带示例序列为IgG1 Fc。
  2. 位点增删:eliminate_glycosite可将指定Asn替换为Gln(默认Q)以消除位点;add_glycosite可突变为Asn并将+1位Pro改为Ala、+2位改为S/T以引入位点。
  3. O-糖基化热点预测:基于窗口内S/T密度的启发式评分,可设window、min_st_fraction、disallow_proline_next;资料说明它不能替代NetOGlyc,仅作快速基线。

外部工具(资料提供URL):NetOGlyc 4.0与NetNGlyc 1.0(DTU预测服务,输入FASTA,输出逐残基概率);GlycoShield-MD(MD轨迹中糖链屏蔽分析,安装pip install glycoshield,命令含--topology、--trajectory、--glycan_resnames、--output);GlycoWorkbench(绘制糖结构、算质量、注释质谱);GlyConnect(查询实验验证的糖蛋白与位点,示例API为https://glyconnect.expasy.org/api/proteins/uniprot/{uniprot_id});UniCarbKB;GlyTouCan。

适用场景与常见策略:增强ADCC(Fc Asn297去岩藻糖化)、降低免疫原性、延长半衰期(唾液酸化)、构建糖链屏蔽;常用突变包括N297A/Q、N297D、S298A/E333A/K334A、F243L、T299A。

限制与注意:预测序列子未必真实被糖基化,需考虑可及性、细胞类型与构象;建议先做NetNGlyc/NetOGlyc预测,再用质谱(如Byonic、Mascot)验证;抗体优先表征Fc N297。本资料未提供该技能自身的安装命令、收费与平台信息。