gget 是一个命令行生物信息学工具兼 Python 包，用统一接口访问 20 多个基因组数据库与分析方法。它可查询基因信息、序列分析、蛋白质结构、表达数据与疾病关联，官方提示所查询数据库持续更新，模块每两周自动测试以适应结构变化。
安装：uv pip install gget，或 uv pip install --upgrade gget。Python 中 import gget。
用法模式：命令行 gget <module> [arguments] [options]；Python gget.module(arguments, options)。命令行默认返回 JSON，加 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。常用通用参数：-o/--out 保存结果到文件，-q/--quiet 抑制进度，-csv 仅命令行可用。
模块分类：参考与基因信息包括 gget ref（Ensembl 参考基因组下载）、gget search（按名称或描述搜索基因）、gget info（基因/转录本元数据）、gget seq（序列获取）；序列分析与比对包括 gget blast、gget blat、gget muscle、gget diamond；结构与蛋白分析包括 gget pdb、gget alphafold（需先 uv pip install openmm 并运行 gget setup alphafold）、gget elm（需 gget setup elm）；表达与疾病数据包括 gget archs4、gget cellxgene（需 gget setup cellxgene）、gget enrichr、gget bgee、gget opentargets、gget cbio、gget cosmic（商用需许可费并需账号凭据，查询前需下载 TSV）；此外还有 gget mutate 等。
适用场景：需要快速查询基因、序列、蛋白结构或做富集与表达分析的科研工作。限制：部分模块需额外安装或 setup；gget info 单次约限 1000 个 ID；数据库结构变化可能影响结果；各模块支持的物种、参数与返回格式不同，应以官方文档为准。