DepMap 由 Broad Institute 维护，系统性地用全基因组 CRISPR 敲除筛选（Chronos）、RNAi（DEMETER2）和化合物敏感性实验（PRISM）刻画数百个癌症细胞系的遗传依赖。用途包括：判断某基因在特定突变癌症细胞系中是否必需、发现癌症选择性依赖（治疗靶点）、验证肿瘤药物靶点、发现合成致死关系。
主要能力：通过 DepMap API（https://depmap.org/portal/api/）查询基因依赖评分；下载数据文件进行大规模本地分析，常用文件有 CRISPRGeneEffect.csv（Chronos 基因效应）、CRISPRGeneEffectUnscaled.csv、RNAi_merged.csv、sample_info.csv（细胞系元数据）、OmicsExpressionProteinCodingGenesTPMLogp1.csv、OmicsSomaticMutationsMatrixDamaging.csv、OmicsCNGene.csv、PRISM_Repurposing_Primary_Screens_Data.csv，下载地址 https://depmap.org/portal/download/all/。
关键概念：Chronos 评分范围约 -3 至 0+，越负越必需；Chronos ≤ -0.5 视为可能依赖，≤ -1 为强依赖（常见必需基因范围）。每个细胞系有 DepMap_ID（如 ACH-000001）、cell_line_name、primary_disease、lineage 等注释。
典型工作流：靶点验证时按癌症类型过滤细胞系、比较目标基因效应、结合突变/表达/CNA 找生物标志物；合成致死筛查中比较突变型与野生型细胞系的基因效应；化合物敏感性分析中将 PRISM 数据与基因组特征关联。
限制与最佳实践：当前 CRISPR 分析建议用 Chronos 而非 DEMETER2；区分泛必需与癌症选择性依赖；结合表达数据验证，未表达的基因会显示非必需；用 DepMap_ID 而非名称识别细胞系；注意拷贝数放大导致的假阳性；全基因组生物标志物关联需做 FDR 多重检验校正。部分数据下载链接、API 端点和版本信息以官方页面为准。