bioservices

用途：BioServices 提供对约 40 个生物信息学 Web 服务与数据库的 Python 编程访问，用于检索生物数据、跨数据库查询、标识符映射、序列分析，以及把多个生物资源整合进 Python 工作流。安装：uv pip install bioservices。核心能力包括：蛋白质分析（UniProt 的 search、retrieve、mapping，检索序列与注释）；通路发现与分析（KEGG 的 lookfor_organism、lookfor_pathway、get_pathway_by_gene、parse_kgml_pathway、pathway2sif）；化合物数据库检索（KEGG、UniChem 跨库交叉引用，如 KEGG 到 ChEMBL 映射）；序列分析（NCBIblast 支持 BLAST，任务异步需检查状态）；标识符映射（UniProtKB 与 KEGG、Ensembl、PDB、RefSeq 等互转）；基因本体查询（QuickGO 的 Term、Annotation）；蛋白质互作查询（PSICQUIC，支持 MINT、IntAct、BioGRID、DIP 等）。使用方式：以 Python 导入各服务类调用方法，可用 verbose=False 抑制请求细节、设置 TIMEOUT，并用 try-except 处理错误；示例脚本如 protein_analysis_workflow.py、pathway_analysis.py、compound_cross_reference.py、batch_id_converter.py 可参考。适用场景：跨库蛋白与通路分析、化合物标识符转换、批量 ID 映射等。限制：具体收费、价格、速率上限与效果资料暂未提供；BLAST 为异步任务；NCBI 等服务可能要求提供 email；使用时应遵循各自服务条款。