用途:按可复现方式运行 scvi-tools 单细胞分析工作流,适用于需要 scVI/scANVI 配置、潜变量嵌入、批次校正、差异表达等任务。
主要能力与流程:
- 分析前记录元数据,包括 AnnData 路径、物种、检测类型、批次键、标签键、协变量、训练/测试划分以及过滤选择。
- 训练前核实 Python 环境、GPU/CPU 运行路径、包版本和数据可用性。
- 保存预处理 notebook、模型参数、训练日志、潜变量嵌入、差异表达表和图表。
- 检查批次混合情况、生物学分离效果、标记基因一致性以及结果对预处理选择的敏感性。
- 在最终总结中附带确切命令与产物路径。
- 明确区分原始计数、归一化值和模型导出的潜变量。
限制:资料未提供具体安装命令、包版本、依赖项、支持的平台、收费或价格信息;未提供代码示例与详细 API 说明。