LigandMPNN 是一个用于配体感知蛋白质序列设计的技能（skill），适用于需要在配体或小分子上下文环境中设计蛋白质序列的任务。
用途 该技能面向配体感知的蛋白质序列设计，帮助在给定配体或小分子环境约束下生成蛋白质序列设计候选。
工作流程
- 记录输入信息：包括输入结构、配体身份、链/残基设计掩码、固定残基、对称性以及设计目标。
- 运行前核验：在运行之前，验证执行路径与模型是否可用。
- 保存运行产物：保存输入结构、配体文件、残基掩码、命令、随机种子、模型版本、生成的 FASTA 以及评分表。
- 筛选输出：根据约束满足情况、序列多样性、已知基序、预测结构置信度以及配体接触的合理性对输出进行过滤。
- 独立核验：将入围的设计提交给独立的结构检查或文献/数据库核对，然后再将其作为候选呈现。
约束要求 生成的设计必须与确切的输入结构和约束保持绑定关系。
其他说明 关于该技能的收费、价格、支持的平台、具体安装命令、可用模型版本清单以及具体使用步骤，资料中暂未提供。