用途：用于 ESM2 类蛋白质语言模型（protein language model）分析，覆盖蛋白质嵌入、突变打分、远程同源检测与表征分析等任务，也适用于需要蛋白质嵌入向量的场景。
主要能力：
- 生成蛋白质嵌入表征；
- 对变异（mutation）进行打分排序；
- 支持远程同源性（remote homology）分析与表征分析。
工作流与使用方式：
- 将蛋白质规范化为 FASTA，使用稳定标识符并统一突变记法；
- 执行前先核实本地包、checkpoint、endpoint 或 notebook 路线；
- 保存嵌入、变异打分表、聚类图、模型版本、命令与运行日志；
- 将模型得出的排序与 UniProt、结构、保守性、实验测定或文献进行对照；
- 标注覆盖度差、无序区、低同源性或结构域边界不明确的序列区域。
适用场景：蛋白质表征学习、变异效应分析、同源研究与蛋白质工程相关的探索性分析。
限制：ESM2 输出只能作为特征或假设，除非有来源支持的验证步骤，否则不应据此得出结论。执行前需确认本地环境与模型资源是否可用；具体依赖、安装命令与检查点获取方式暂未提供。